Theo Thứ trưởng Ngoại giao Vũ Dũng, đến 31/12/2008, hai bên đã phân giới khoảng 1.400 km biên giới, cắm 1.971 cột mốc,[32] trong đó có 1.549 cột mốc chính và 422 cột mốc phụ. Toàn bộ 38 chốt quân sự trên đường biên giới đều đã được dỡ bỏ. Tại cửa khẩu Hữu Nghị Quan, Việt Nam và Trung Quốc đã tiến hành cắm mốc 1117 trùng với vị trí mốc 19 cũ, đường biên giới đi qua Km số 0, mốc 19 cũ đến điểm cách điểm nối ray hiện tại 148 m.[33] Một nhượng bộ lớn của Việt Nam là khoảng cách 300 m cuối tuyến đường sắt từ Đồng Đăng đến đường biên giới cũ đã phải cắt cho Trung Quốc.[34]

Tại khu vực thác Bản Giốc, theo quy định của Hiệp ước 1999, hai nước điều chỉnh đường biên giới đi qua cồn Pò Thoong, qua dấu tích trạm thủy văn xây dựng những năm 1960, quy thuộc 1/4 cồn, 1/2 thác chính và toàn bộ thác cao cho Việt Nam.[35]

Tại cửa sông Bắc Luân, biên giới quy thuộc 3/4 bãi Tục Lãm và 1/3 bãi Dậu Gót cho Việt Nam, 1/4 bãi Tục Lãm và 2/3 bãi Dậu Gót cho Trung Quốc, và thiết lập khu giao thông đường thuỷ tự do cho nhân dân địa phương sử dụng luồng hai bên bãi Tục Lãm và Dậu Gót. Tại khu vực Hoành Mô, đường biên giới đi giữa ngầm như từ trước đến nay chứ không theo trung tuyến dòng chảy qua cống mới do Trung Quốc xây dựng những năm 1960. Khu vực mồ mả ở mốc 53 - 54 cũ (Cao Bằng) được giữ lại cho người dân Việt Nam mặc dù hai bên có nhận thức khác nhau về quy định của Hiệp ước 1999 về biên giới khu vực này đi theo chân núi. Khu vực rừng hồi người dân Trung Quốc trồng gần biên giới Quảng Ninh được bảo lưu cho phía Trung Quốc.[35]

Theo Hiệp ước 1999, đường biên giới cắt ngang qua bản Ma Lỳ Sán (gồm 05 hộ, 35 khẩu thuộc tỉnh Hà Giang) và khu 13 nóc nhà của người dân Trung Quốc gần Lạng Sơn, hai bên hoán đổi cho nhau trên cơ sở cân bằng diện tích, không xáo trộn đời sống dân cư...[35]